发酵工程就是通过研究改造发酵所用的菌，以及应用技术手段控制发酵过程来大规模工业化生产发酵产品。发酵工程产品包括医用抗生素、农用抗生素和氨基酸、核苷酸、维生素、甾体激素、黄原胶、工业用酶等。发酵工程的发展主要包括三个方面：

一、对微生物产生的生物活性物质及其菌株进行筛选例如生产青霉素就要筛选出能产生青霉素的青霉菌。

二、对微生物的生理代谢进行研究例如利用发酵工程将谷氨酸发酵生产工业化，其关键在于科学家搞清楚了生物素在细胞通透中的作用。

三、采用新的发酵工艺和新的控制程序例如新的生物反应器对微生物的溶氧参数、热参数、酸碱度、氧化还原电位等重要参数控制更加严格。